Продолжение истории войны между автоботами и десептиконами. Сэм Уитвики поступает в колледж, но сталкивается с остатками Куба Шпаргалки, содержащей знание о прошлом трансформеров и Аллспарке. Десептиконы стремятся восстановить Мегатрона с помощью шара Шпаргалки.
Сэм случайно активирует символы на своей руке, что приводит к появлению зловредного трансформера – Пламенного. Запущенные в Автоботах, Пламенный и десептиконы ищут Матрицу Лидерства, которая может оживить Мегатрона. Сэм и его подруга Микаэла пытаются предотвратить это, но сталкиваются с новыми врагами, включая предателя среди автоботов – Изгоя.
Битва раскрывает тайны древних трансформеров, связанных с Землей. Автоботы, в том числе новый герой - Оптимус Прайм, объединяются, чтобы остановить десептиконов и предотвратить возвращение Мегатрона. В конце фильма Мегатрон побежден, но появляется темная угроза, намекая на неизбежное продолжение войны.